Magia to istotny oraz nieodłączny element całej sagi Heroes of Might and Magic. W części trzeciej została ona podzielona na kilka kategorii:
- Znajome z poprzednich części 5 poziomów - im wyższy poziom zaklęcia, tym potężniejsze efekty i większy koszt many.
- Cztery główne szkoły - Magia ognia, powietrza, wody i ziemi. Każdej z nich przyporządkowano po kilkanaście zaklęć (w sumie 69 dostępnych czarów). Dodatkowo, bohater może nauczyć się specjalnych umiejętności, które zwiększą efektywność rzucanych zaklęć. Dla przykładu, Błogosławieństwo działa na pojedynczy cel - dopiero po osiągnięciu eksperta Magii wody zaklęcie staje się masowe. Ciekawostką jest to, że dwa czary - Magiczna strzała oraz Wizja - są synkretycznymi tzn. należą do każdej ze szkół.
Istnieją także dwie "podszkoły". Jedna z nich zawiera zaklęcia lodu (Lodowy pocisk oraz Krąg zimna), druga zaklęcia umysłu (np. Oślepienie, Hipnoza) - więcej o nich w tym miejscu.
- Zaklęcia można również podzielić ze względu na efekt. Do dyspozycji mamy więc czary ofensywne (które niszczą wrogie oddziały, np. Błyskawica lub Deszcz meteorów), wspomagające (wzmacniające sojusznicze oddziały, np. Kamienna skóra lub Modlitwa) oraz przekleństwa (osłabiające wrogie wojska, np. Klątwa lub Pech).
- Ostatnia kategoria dotyczy pogrupowania zaklęć na rzucane w czasie walki i rzucane na mapie przygód.

Rzucanie zaklęć wymaga odpowiedniej ilości many, posiadania Księgi magii oraz oczywiście znajomości samych czarów. Tych można się nauczyć w na kapliczkach na mapie przygody, można znaleźć je wypisane na zwojach, ale przede wszystkim, największe zbiory zawsze znajdują się w gildiach magów, w zamkach. Znajomość poszczególnych szkół magii obniża koszt o wartość równą poziomowi zaklęcia oraz zwiększa efektywność rzucania czarów. Warto w tym miejscu zauważyć, że moc zaklęć bez znajomości szkoły magii jest taka sama, jak w przypadku posiadania tych umiejętności na poziomie podstawowym - dopiero przy wyższych poziomach wtajemniczenia moc zaklęć zwiększa się.
Poniższa tabela prezentuje procentowe prawdopodobieństwo wystąpienia zaklęć w gildiach danych frakcji.

Poziom I
Żądza krwi	0	0	0	0	53	32	30	53	31	31
Klątwa	0	0	25	20	31	54	30	0	0	0
Ochrona przed ogniem	20	20	25	20	20	20	19	20	20	20
Przyspieszenie	32	54	39	31	31	32	52	31	53	53
Błogosławieństwo	54	32	31	39	0	0	19	20	31	31
Uleczenie	54	32	31	39	31	0	19	20	31	31
Rozproszenie	54	54	63	53	53	54	52	53	53	53
Ochrona przed wodą	20	20	25	20	20	20	19	20	20	20
Kamienna skóra	32	32	63	53	31	54	30	53	31	31
Tarcza	54	20	39	31	20	54	30	31	31	31
Spowolnienie	32	54	63	53	53	32	30	31	31	53
Magiczna strzała	89	89	94	89	89	89	88	89	89	89
Przyzwanie okrętu	20	32	39	31	31	20	30	31	20	20
Zasoby ziemi	20	20	25	20	20	20	19	20	20	20
Aura artefaktów	20	20	25	20	20	20	19	20	20	20
Powrót do góry

Poziom II
Oślepienie	25	35	18	13	47	24	25	25	35	37
Ściana ognia	25	25	33	25	47	24	25	25	25	37
Błyskawica	25	25	98	96	65	35	95	95	25	77
Promień osłabienia	35	25	46	35	47	24	35	35	35	37
Precyzja	35	35	33	25	34	13	35	25	25	11
Fortuna	25	35	33	25	18	13	13	25	25	11
Lodowy pocisk	95	95	46	35	0	35	35	25	96	77
Osłabienie	13	13	18	13	34	24	25	25	25	20
Usunięcie przeszkody	25	25	46	35	18	24	25	25	25	20
Fala śmierci	0	0	0	0	0	95	0	0	0	0
Ruchome piaski	25	25	46	35	18	24	25	35	35	20
Ochrona przed powietrzem	13	13	18	13	18	13	13	13	13	11
Ukrycie	13	13	18	13	18	13	13	13	0	11
Zniszczenie okrętu	35	25	33	25	18	24	25	25	25	20
Wizja	13	13	18	13	18	13	13	13	13	11
Powrót do góry

Poziom III
Kula ognia	24	24	32	24	90	35	44	35	9	35
Pech	13	13	17	13	25	25	13	13	9	13
Pole minowe	24	24	32	24	25	25	35	24	9	13
Hipnoza	13	13	32	24	25	0	24	13	17	35
Tarcza powietrza	13	24	32	24	9	13	13	24	17	13
Zniszczenie nieumarłych	35	24	32	24	9	0	13	13	9	13
Krąg zimna	44	43	55	43	0	35	35	35	17	35
Radość	13	13	17	13	9	13	13	35	9	13
Teleportacja	24	24	32	24	32	25	24	24	40	24
Zapomnienie	24	24	17	13	17	13	13	13	17	24
Antymagia	35	24	32	24	17	25	24	35	40	35
Ożywienie	0	0	0	0	0	44	0	0	0	0
Pole siłowe	13	13	32	24	9	25	24	13	17	24
Trzęsienie ziemi	13	24	17	13	25	13	13	13	90	13
Ochrona przed ziemią	13	13	17	13	13	9	13	13	0	13
Powrót do góry

Poziom IV
Armageddon	0	0	0	0	10	10	20	0	0	0
Inferno	10	10	16	10	20	10	10	0	0	20
Berserk	10	10	16	10	10	20	10	0	0	10
Szał	10	10	16	10	10	10	10	0	0	10
Pogromca	10	10	16	10	10	10	10	0	0	10
Tarcza ognia	10	10	16	10	10	10	10	0	0	10
Łańcuch piorunów	20	20	29	20	20	20	20	0	0	20
Kontratak	10	20	16	10	10	10	10	0	0	10
Klonowanie	10	10	29	20	10	10	10	0	0	20
Modlitwa	20	10	16	10	0	0	0	0	0	10
Spacer po wodzie	20	20	29	20	20	20	20	0	0	20
Deszcz meteorów	20	20	29	20	20	20	20	0	0	20
Przygnębienie	10	10	16	10	10	10	10	0	0	10
Wskrzeszenie	20	20	29	20	20	20	20	0	0	10
Miejski portal	20	20	29	20	20	20	20	0	0	20
Powrót do góry

Poziom V
Ofiara	0	0	0	0	20	16	12	0	0	0
Magiczne lustro	0	16	28	14	0	0	12	0	0	13
Implozja	0	16	28	14	16	20	12	0	0	13
Żywiołak ognia	0	0	0	0	16	0	12	0	0	12
Żywiołak powietrza	0	0	28	14	0	16	0	0	0	12
Żywiołak wody	0	16	28	14	0	0	12	0	0	12
Żywiołak ziemi	0	16	28	14	16	16	12	0	0	12
Lot	0	16	32	16	16	16	12	0	0	13
Wrota wymiarów	0	20	28	14	16	16	16	0	0	13
Powrót do góry